1993 metų gruodžio 27-oji. Tą dieną FBK „Kaunas“ futbolininkai susirinko į pirmąją treniruotę. Joje daugiausia dalyvavo buvusios „Bangos“ komandos žaidėjai. 1993 m. gruodžio 30 d. įsteigta visuomeninė sporto ir kūno kultūros organizacija Kauno futbolo ir beisbolo klubas (FBK „Kaunas“) yra daugiausia Lietuvos čempionų titulų - aštuonis - laimėjęs šalies futbolo klubas po Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo.
Pirmąjį sezoną (1993-1994 m.) komanda Lietuvos čempionate užėmė šeštąją vietą, po metų pakilo laipteliu aukščiau, o 1995-1996 m. liko ketvirta. 1996-aisiais kauniečiai pirmą kartą atstovavo Lietuvai UEFA Intertoto turnyre.
Nuo 1999-ųjų metų ekipa šešis kartus iš eilės tapo šalies čempione, tik 2005-aisiais tenkinosi sidabro medaliais. 2006-aisiais kauniečiai vėl susigrąžino stipriausios Lietuvos komandos vardą, kurį išsaugojo ir 2007-ųjų rudenį.
2002-aisiais ekipa pirmą kartą iškovojo LFF taurę. Pastarąjį laimėjimą mūsiškiai pakartojo 2004 ir 2005 metais. “Kaunas” tris kartus džiaugėsi LFF supertaure. 2002 ir 2004 m. kauniečiams šis trofėjus atiteko be kovos, nes jie laimėjo ir Lietuvos pirmenybes, ir LFF taurę. 2007 metais “Kaunas” kovoje dėl supertaurės privertė pasiduoti Marijampolės “Sūduvą”.
2000 metais „Kaunas“ sėkmingai debiutavo UEFA Čempionų lygos atrankos varžybose. Mūsiškiai įveikė pirmąjį etapą, iš tolesnės kovos privertę pasitraukti FK “Brotnjo” (Bosnija ir Hercegovina).
2001 ir 2002 m. kauniečiai neįveikė pirmojo šio turnyro etapo. 2003-aisiais Lietuvos čempionai pateko į antrąjį etapą, pirmajame iš tolesnės kovos išstūmę „HB Torshavn“ (Farerų salos).
2004 m. UEFA Čempionų lygoje "Kaunui" pritrūko šiek tiek sėkmės, kad komanda pagaliau būtų pasiekusi trečiąjį kvalifikacinį etapą ir stotų į kovą prieš garsųjį, žvaigždžių pilną Turino „Juventus“ (Italija) klubą. Turnyro starte be didesnių problemų (2:0 ir 4:1) „Kaunas“ įveikė Maltos čempionus „Sliema Wanderers“ futbolininkus. Antrajame etape varžovas buvo stiprus, bet įveikiamas – Švedijos čempionas „Djurgardens IF“ klubas. Po lygiųjų (0:0) Švedijoje, vilčių buvo kaip niekad daug, bet Kaune teko pripažinti varžovų pranašumą rezultatu 0:2 ir atidėti svajonių įgyvendinimą ateičiai. 
2005-ųjų UEFA Čempionų lygos turnyras klubo istorijoje bus įrašytas amžiams. Antrajame etape kauniečiams teko garbė susikauti su tuometiniais Europos čempionais – „Liverpool FC“ futbolininkais. S.Dariaus ir S.Girėno stadionas pirmą kartą šalies istorijoje buvo perpildytas. Didžiojo futbolo ištroškę žiūrovai ėjo iš proto, kai FBK „Kaunas“ įmušė pirmąjį rungtynių įvartį. Po šio mažo kauniečių stebuklo Europos karaliai atsitiesė ir iškovojo pergalę Kaune 3:1, o po savaitės Anglijoje – 2:0.
2006 metais komanda žaidė UEFA taurės turnyre. Mūsiškiams pirmajame etape pavyko nugalėti “Portadown” (Šiaurės Airija), bet antrajame teko pripažinti “Randers” (Danija) pranašumą.
2007-ųjų vasarą geltonai-žali sugrįžo į prestižinę Čempionų lygą. Dvikova prieš Juodkalnijos "Zeta" ekipą - viena dramatiškiausių klubo istorijoje. Išvykoje pralaimėję 1:3, atsakomosiose rungtynėse Kaune musiškiai greitai susikrovė trijų įvarčių persvarą. Bet vėliau pats dangus užkirto kelią tolyn - prasidėjusi liūtis buvo palankesnė svečiams, kurie paskutinėmis minutėmis pelnė lemiamą įvartį ir išvyko iš Kauno triumfuodami, nors ir pralaimėję rezultatu 2:3.
1999-2007 m. „Kaunas“ dalyvavo tarptautiniame „Sandraugos“ taurės turnyre Maskvoje, kur kiekvienais metais susirenka NVS ir Baltijos šalių čempionai. Komanda kelis kartus iškopė į pusfinalį, o 2006-aisiais kovojo finale, kuriame 2:4 nusileido Baku „Neftči“ (Azerbaidžanas).
Net penki „Kauno“ žaidėjai buvo išrinkti geriausiais Lietuvoje rungtyniaujančiais futbolininkais: Audrius Kšanavičius (1999 m.), Andrius Velička (2000, 2006 m.), Remigijus Pocius (2001 m.), Darius Maciulevičius (2003 m.), Andrius Gedgaudas (2004 m.).
